Biological ID Translation

clusterProfiler 包的 KEGG 富集分析可用 ID 包括kegg，ncbi-geneid，ncbi-proteinid或uniprot。真核生物的kegg和ncbi-geneid均为Entrez ID，原核生物的kegg则为Locus Tag。蛋白质谱一般使用 Uniprot ID，但测序数据有时以 Gene Symbol 或者 Ensembl ID 展示，不在 KEGG 支持的 ID 范围中，如果想用这些结果做 KEGG 富集分析需进行 ID 转换。

bitr()是专用于 ID 转换的函数，其OrgDB参数指定物种类型，人为org.Hs.eg.db，小鼠为org.Mm.eg.db。以人源 Gene Symbol 为例，将其转换为 Entrez ID。

library(clusterProfiler)
x <- c("GPX3", "GLRX", "LBP", "CRYAB", "DEFB1", "HCLS1", "SOD2", "HSPA2")
ids = bitr(x, fromType="SYMBOL", toType="ENTREZID", OrgDb="org.Hs.eg.db")
ids

另有处理 KEGG ID 的专用函数bitr_kegg()，其 fromType 和 toType 均为 KEGG 支持 ID 类型的四者之一。 （似乎意义不大，毕竟一般来讲都是把 KEGG 不支持的 ID 转换成 KEGG 支持的 ID，而不是在 KEGG 支持的 ID 类型中互相转换。）

ids <- bitr_kegg(x, fromType='kegg', toType='ncbi-proteinid', organism='hsa')

需要注意的是，这些 ID 之间并不是一一对应的，例如有些 Ensembl ID 没有对应的 Entrez ID，有些对应多个 Entrez ID。