Biological ID Translation

clusterProfiler包的KEGG富集分析可用ID包括kegg，ncbi-geneid，ncbi-proteinid或uniprot。真核生物的kegg即Entrez ID，原核生物则为Locus Tag。蛋白质谱一般以Uniprot ID展示，但测序数据一般以Gene Symbol展示，不在KEGG支持的ID范围中，如果想用测序结果做KEGG富集分析需进行ID转换。

bitr()是专用于ID转换的函数，其OrgDB参数指定物种类型，人为org.Hs.eg.db，小鼠为org.Mm.eg.db。以人源Gene Symbol为例，将其转换为Entrez ID。

library(clusterProfiler)
x <- c("GPX3", "GLRX", "LBP", "CRYAB", "DEFB1", "HCLS1", "SOD2", "HSPA2")
ids = bitr(x, fromType="SYMBOL", toType="ENTREZID", OrgDb="org.Hs.eg.db")
ids

另有处理KEGG ID的专用函数bitr_kegg()，其fromType和toType均为KEGG支持ID类型的四者之一。 （似乎意义不大，毕竟目的是转换成KEGG支持的ID，而不是在KEGG支持的ID类型中互相转换。）

ids <- bitr_kegg(x, fromType='kegg', toType='ncbi-proteinid', organism='hsa')